En este subsistema de vigilancia se tendrán en cuenta los accidentes provocados por lesiones punzocortantes, salpicaduras, accidentes por radiaciones ionizantes y no ionizantes, estrés laboral, trastornos neuromusculares, y infecciones producidas por agentes biológicos (tuberculosos y sida), entre otras. Es importante monitorear si se cumplen las normas de seguridad biológicas establecidas para los diferentes servicios del hospital.

Esta responsabilidad recae en los departamentos de microbiología de los hospitales, manteniendo actualizados los mapas microbiológicos por salas y servicios, basados en los reportes de coeficientes de resistencia detectados a las sustancias antimicrobianas, mediante el monitoreo sistemático de la medida de la sensibilidad a través del antibiograma y cultivo.
Los resultados serán enviados al comité de control de las infecciones definiéndose la frecuencia de aparición de los microorganismos y su resistencia a los antimicrobianos.

Posteriormente este comité le informará a los diferentes servicios y decidirá qué antibiótico pasa a ser restringido, el que no se podrá indicar en todo el hospital a no ser que sea autorizado por el comité de infecciones. La farmacia también participa en el subsistema controlando las ventas y compras de los antimicrobianos en función de los coeficientes de resistencias encontrados.

Vigilancia de indicadores seleccionados de la morbilidad, mortalidad y letalidad.

Estos se definen a partir de los principales problemas de salud identificados en el área hospitalaria, estratificándolos por servicios y salas.

Vigilancia de indicadores de aprovechamiento de los recursos.

En este tipo de vigilancia se tendrán en cuenta el índice de estadía, índice de rotación, salones cerrados, indicadores económicos de consumo de medicamentos por camas, consumo de alimentos, costos por camas, costo por patología, satisfacción de la población, satisfacción de los trabajadores, entre otros.

Vigilancia de los medicamentos en el hospital o la farmacovigilancia.

Inicialmente los métodos específicos de farmacovigilancia hospitalaria se limitaban a la supervisión intensiva de pacientes ingresados, más adelante se desarrollaron otras estrategias como la relacionada con la fármacovigilancia en servicios de urgencias.